Однако внутренние изменения были куда более масштабными. Главным козырем «Берты» стал новейший двигатель Jumo-211. Развивавший взлетную мощность около 1000 л. с, он был существенно длиннее и тяжелее своего предшественника и потребовал довольно серьезной перекомпоновки моторного отсека. Были переделаны радиаторы и фонарь кабины. Первые прототипы с новым двигателем — V6 и V7 — появились летом 1937 года, а год спустя заводские цеха покинули самолеты установочной серии В-0. Осенью 1938 года началось крупносерийное производство модификации В-1. Всего таких машин было выпущено более восьмисот. Интересно, что основную массу «Берт» выпустил не основной завод фирмы «Юнкерс» в Дессау, а фирма «Везер Флюгцойгбау», производственные площади которой располагались в берлинском пригороде Темпельхоф.

Максимальная скорость пикировщика увеличилась до 350 км/ч, а когда в 1939 году на «Берты» начали устанавливать двигатель Jumo-211Da с непосредственным впрыском топлива мощностью 1140 л.с. — до 380 км/ч. Бомбовая нагрузка выросла до 500-килограммовой бомбы под центропланом и четырех подкрыльевых 50-килограммовых бомб. С одним членом экипажа «Штука» могла нести даже бомбу весом в тонну. Вооружение было усилено еще одним пулеметом винтовочного калибра, размещенным в левой консоли крыла. Пилот получил усовершенствованный бомбардировочный прицел, а стрелок-радист — пулеметную турель с увеличенными углами обстрела.

Еще одним новшеством, которое станет впоследствии важным составным элементом «легенды о „Штуке“», была установка на самолет специальных сирен. По некоторым данным, это было сделано по личному распоряжению Удета, стремившегося усилить моральный эффект от действий пикировщика. Сначала монтировали одну сирену на обтекателе правой стойки шасси, потом к ней добавилась и вторая. Прозванные «иерихонскими трубами», эти сирены срабатывали при пикировании и оказывали большой моральный эффект на вражеских солдат — в первую очередь там, где речь шла о недостаточно хорошо обученных и подготовленных частях. В отношении испанских республиканцев это правило работало в полной мере.