Процесс испытаний и доводки самолета сопровождался некоторыми сложностями, не выходившими, правда, за рамки среднестатистических. Практически сразу же выяснилось, что двигатель имеет склонность к перегреву, что потребовало увеличения площади радиатора. Пикировала машина хорошо, даже слишком хорошо — быстро набирала скорость, что существенно уменьшало время прицеливания. Решением проблемы могли бы стать аэродинамические тормоза, выполненные в виде решеток, которые планировалось установить за передней кромкой крыла. Однако их изготовление задерживалось, и в итоге на первый опытный экземпляр самолета поставить их так и не успели. 24 января 1936 года во время пикирования возникла сильная тряска хвостового оперения, которое начало разрушаться прямо в воздухе, и самолет разбился, унеся с собой жизни экипажа.

На втором экземпляре, поднявшемся в воздух 25 февраля, печальный опыт постарались учесть. Оперение сделали однокилевым, конструкцию хвостовой части фюзеляжа усилили. Но главной новинкой стал подоспевший к тому моменту двигатель Jumo-210A мощностью 610 л. с, обеспечивавший самолету более высокие летные данные. В марте были наконец-то установлены тормозные решетки, значительно улучшившие устойчивость самолета при пикировании. В таком виде машина в июне 1936 года была представлена на сравнительные испытания в Рехлине.

К этому моменту из четверки претендентов на гордое имя «Штука» остались всего двое — Ju-87 и He-118. Оба конкурента смотрелись достойно, но фирме «Хейнкель», включившейся в гонку позднее других, не хватило времени окончательно довести свое детище до ума. На Не-118, как и на втором экземпляре «Юнкерса», стоял винт с изменяемым шагом, однако система управления шагом винта была ненадежной. При отвесном пикировании следовало одновременно с выпуском тормозных щитков перевести винт на больший угол, в противном случае имелся риск катастрофы. Поэтому на испытаниях Не-118 пикировал под углом не более 50 градусов, в то время как его конкурент гораздо более зрелищно устремлялся почти вертикально вниз. «Полеты на бомбометание сопровождались таким чудовищным ревом, что по телу пробегали мурашки. Вой этих адских машин, а они заслуживали такого сравнения, был неописуем», — вспоминал впоследствии Э. Хейнкель. Хотя наглядное сравнение было явно в пользу Ju-87, мнения представителей Люфтваффе разделились.